Военный институт готовит офицеров для Пограничной службы КНБ Республики Казахстан, других подразделений и органов КНБ (срок обучения 4 года) по специальности «Управление служебно-боевой деятельностью Пограничной службы КНБ Республики Казахстан» с присвоением одной из следующих квалификаций: «офицер подразделения охраны границы, специалист в области управления», «офицер пограничного контроля, специалист в области управления», «офицер кинолог, специалист в области управления», «офицер воспитательной и социально-правовой работы, специалист в области управления», «офицер оперативно-разведывательных подразделений, специалист в области управления». По окончании Военного института курсантам, успешно сдавшим выпускные государственные экзамены, присваивается первое воинское звание «лейтенант», выдается диплом установленного образца об окончании Военного института КНБ Республики Казахстан и нагрудный знак. Военный институт также осуществляет набор юношей и девушек, окончивших гражданские ВУЗы, в возрасте не старше 27 лет, на годичные курсы послевузовской подготовки по специальностям: «управление подразделениями пограничного контроля» (квалификация «Офицер пограничной службы. Специалист пограничного контроля») и «управление служебно-боевой деятельностью Пограничной службы КНБ Республики Казахстан» (квалификация «Офицер Пограничной службы. Специалист в области управления»). По окончании курсов курсантам, успешно сдавшим выпускные государственные экзамены, присваивается первое воинское звание «лейтенант» и выдается свидетельство установленного образца